鲜花( 283) 鸡蛋( 15)
|
本帖最后由 nanoEM 于 2016-10-5 20:21 编辑
9 A8 n" o- ]( ^* y% h; S$ J' f$ b" @# z: ]& W& }
韩春雨基因编辑技术恐遭弃用 大面积无法重复实验(搜狐)
0 C7 T; \5 k7 N2 U1 q9 E8 S* f: T- b- M5 W: w9 L0 D. E
(原文作者:澎湃新闻见习记者 王盈颖)4 \1 x; q. |9 V( _, C1 f; {
+ Y3 b/ q5 W6 f9 _" u; chttp://news.sohu.com/20161006/n469627812.shtml& v. K( I) I9 n$ n) n/ k
& d& J& ]/ H" G( Z9 L5 V因为大面积无法重复实验,作者和所在单位又不出面应对质疑声,河北科技大学副教授韩春雨领衔的NgAgo基因编辑技术的重复工作已经遇冷。
}; i; j2 s0 U( u" J$ z
" D) G6 }( O8 _9 N0 \9 v 自2016年5月2日在《自然-生物技术》在线发表论文,NgAgo已经问世5个月,韩春雨在论文中描述的NgAgo是一项和目前主流的“基因魔剪”CRISPR拥有同样效率的基因编辑技术,能高效地实现对特定DNA片段的敲除、加入。+ h( w; u8 ^. X# S! r# E# |
# ~ _, v o0 H6 p) r 但在近日哥本哈根举办的“CRISPR Genome Editing(CRISPR基因编辑)”大会上,美国、丹麦、德国在基因编辑领域顶尖的实验室参会,却无人提及NgAgo。- I6 ^+ I) j6 ~) H6 J! J
/ J0 ^9 _* I S* _( {" K 美国生物学家张锋、詹妮弗·杜德娜(Jennifer Doudna)、乔治·丘奇(George Church)各自所在的实验室是基因编辑领域的权威。知情人士向澎湃新闻(www.thepaper.cn)透露,张锋实验室无法重复NgAgo实验,丘奇实验室听闻诸多实验室无法重复后,保持观望。有消息称,在今年8月召开的一次重量级内部学术会议上,詹妮弗在问答环节被问及是否重复NgAgo成功,她的回应是否定,澎湃新闻尚未证实这一传言。
: p/ u3 H4 g; e
. M4 B( g" m! I7 t1 A NgAgo不仅在国外遇冷。9月27-28日,“中国科协第114期新观点新学说学术沙龙”召开,主题是“基因组编辑新技术的兴起将带来的冲击”。这并非一次没有分量的学术沙龙,国内各大高校、机构近30位基因编辑领域的学者聚集于此,其中包括北京大学生命科学学院教授、中科院院士许智宏以及华大基因杨焕明院士在内。韩春雨不在出席代表之列。
, d Q8 [' u8 I" c. ?9 h) }- S% a& Q J4 ~- ~
澎湃新闻(www.thepaper.cn)采访到3位国内基因编辑领域的实验室PI(项目负责人),他们大多坚持不懈地重复了近两个月甚至更久,有的重复了几十次NgAgo实验,投入科研经费20万元;有的在几百个小鼠基因、动物胚胎上试验NgAgo技术,花费10多万元。令他们失望的共同结果是:NgAgo实验不奏效。1 p, o! K7 Q; E( H$ t
3 _3 i5 W/ a( p7 C “据我了解,绝大多数实验室都已停止对NgAgo的重复。”其中一位PI告诉澎湃新闻,实验室还有其他项目,没有再多的精力和财力投入到NgAgo之中。1 [7 a6 x! g" R) R' \8 s
! u1 `0 V; _2 \) d6 F7 x* A0 |9 j' r 因为不愿被过多打扰和迫于压力,3位实验室PI都要求匿名。& d4 _% ]! ]/ X4 | D' X
\% s* o; j$ O7 i: i. L. H) v 可能有“几百家”实验室重复实验,总耗资“几亿美元”
1 M+ _% O+ h: Y. E6 w! ]4 u/ @; i! g1 V5 m3 O; d& e, }2 M/ A
来自内陆某高校的这位实验室PI是最早进行NgAgo重复实验的科研人员之一。他告诉澎湃新闻,在韩春雨论文在线发表的第三天,他看到了论文,并在当天晚上提交了实验设计,让学生开始重复实验。论文所描述的NgAgo性能强大,他觉得兴奋,直观的反应是生理性的,“鸡皮疙瘩起了一身”,“我说‘太好了’,一宿几乎没睡。我是基于科学的激动。”# x& m+ H" f) N+ R, R" _' @9 M: A+ s
+ F6 l- ]6 w6 q1 o& g: z! J 反差是巨大的。整个5月份,他做了12轮重复实验,都失败。再做,失败,再做,四个月时间里累计做了数十次,花了20万(含人工费),全部重复实验都失败了。1 [' T* m1 W% h- @0 R- ?: u
8 n/ e, S/ s+ s! D. x ^1 [# `
另一位来自沿海地区的实验室PI也在文章刚发表后就去合成质粒,这是NgAgo重复实验必需的材料。他开始在小鼠基因上重复实验,每批几十、上百个小鼠基因,按照韩春雨论文的实验步骤操作,想看看NgAgo的切割效率如何。两周后,第一批实验结果出来,没有一个小鼠基因出现了被编辑的迹象。. D, N: ^4 i5 w/ N4 l8 J3 ~
d1 _* k/ j$ y$ C 他去问了一圈领域内熟识的同行,“他们都没重复出来”,有的到Figuer3C(图3C)能重复,但一做测序都是假阳性。1 S) Z2 J3 ?7 Y" }/ @8 e
( A8 p3 ^1 F3 Y& a
是不是没有注意到什么细节?他去韩春雨所指定的生物公司合成质粒,把小鼠细胞替换成293人类细胞,“完全按照他(韩春雨)一模一样”地重复实验,还是失败。反反复复,总共分别做了7、8次小鼠和人类细胞,无一例外地失败。
$ X7 M' a" f' p8 \) w7 L" Z2 S& j' b3 \. F8 Z7 B$ C, B) O
10多万人民币、操作重复实验的学生几十天的时间、实验室其他项目放缓的进度,这些都折算在重复NgAgo实验失败的成本里。
$ c, {# ?- B9 G0 X9 n b0 X5 v: U
2 E: u. Y2 w. b+ O3 m, Y: Z' U3 Q 这位PI向澎湃新闻表示,NgAgo实验是工具性的、定性定量的,正是因为韩春雨在论文中所描述的NgAgo太高效了(21.3%41.3%),并在40多个位点都保持高效率,还没有序列限制,所以全球基因编辑领域的实验室才立即跟进。/ s* n/ }0 _6 w2 p! c
3 e2 s5 r! T$ o, t4 B “如果说一般般的效率,没人会去重复,因为大家用CRISPR已经用得很好。”他估算,国内外有几百个实验室进行NgAgo实验,加上人力成本,所耗费的资金或许可达几亿美元。1 P1 S1 n9 n. x% G2 Q8 O
" w& x; M7 \0 D E& S$ S. i( \ 第三位实验室PI来自北方某研究机构,他没有统计过实验室为NgAgo投入了多少钱,“肯定的是,至少有一个学生两个月的时间浪费在上面,而且我们在合成基因上也花了不少钱,做了很多小鼠实验,这个花费会更多一些。我们做了好几百个胚胎,没有确切的结果。所以还是比较令人失望的事情。”9 h& |! {6 e' J- C O4 g1 B
$ S% Z% p; P6 L% ?: `1 v5 h) @ “我有两个学生,独立地在重复,严格地按照他(韩春雨)发表的细胞系,他发表的序列和他描述的方法,我们也尝试了去改进,但没有阳性结果。所以我们也就不想再在这上面浪费时间了。”这位PI说,整个过程他经历了从惊讶、兴奋到最后的失望。; z- ?- d" F, H' q' e! W$ A
. R- M0 M, E4 I2 _ PI们的一些反驳和疑惑
' z" ^$ e4 n% U2 e2 O' g' a1 u" F9 e5 o5 z% w& R$ K* E
疑惑和争议还不只是对待屡试屡败的重复实验结果。上述实验室PI们对韩春雨的一些说法进行了反驳。7 a. ~1 f3 Q) e! C
7 g" V0 V( F" ?4 s" L9 z' g( B9 j
韩春雨公开回应,实验需要“高超的技巧”,并曾向澎湃新闻表示,80%的重复实验是因为细胞被污染,因为总是学生在操作实验,没有接受过严格的科研训练。来自沿海地区的这位PI则告诉澎湃新闻,NgAgo实验很简单,“随便一个新入学的博士,训练一个星期就可以做得很好”,并提及完成整个实验仅需一个星期,并非韩春雨所说“一个月还没做完一轮”。
" ]" _3 ] q4 t9 D; b8 |( W9 w9 f; I W1 Z) f( U
对于涉及“实验机密”问题,该PI表示,“不存在保守技术涉密的,保守技术就不要发文章,仅申请专利也行”,论文一旦刊发,意味着有义务在科学共同体内共享能让实验顺利进行的信息。这对作者而言并非没有益处,能让更多的同行重复成功,可以建立起自己在科学共同体内的声誉,这对科学家来说并非可有可无,而是至关重要的,关系到今后学术论文发表。/ i+ H( c/ z& }" N) Q1 E* o
) i) z3 E1 o- B' b5 [
作为解决同一问题的技术,CRISPR在诞生之初是不是如韩春雨所说效率“只有1%”?上述PI告诉澎湃新闻:“CRISPR在一两周内就重复出来了,而且开放共享。刚出来的效率非常高,而且意外地高,我们都很惊讶。”
* w# p9 C$ ~( m2 w8 C5 R& G- O- S" u- F9 ~7 x
是否有阵营之间相互打压之说?在网络流传的一段电话录音里,韩春雨对一位外校学生表示,NgAgo的成功会让CRISPR阵营失去上亿元,暗示CRISPR阵营正在打压NgAgo。来自北方某个研究机构的PI否定了这个说法,“科学就是就事论事,你别提以前谁做什么的。根本不是阵营的问题,这就是科学。”5 ]! e# C: y9 M
* Q9 v4 l/ m0 Q0 |0 D( v6 S 在韩春雨共享给同行的质粒上,两位PI无一不表示了困惑。
3 q0 U1 O( o7 a1 |( u
0 h" V/ B9 `* l$ s% _. p- Z _ 其中一位PI透露,自己曾派学生前往石家庄,希望韩春雨能提供论文中的质粒,但拿回去后PI发现,“他没有给我们这个原本的质粒,他给的是一个编码酶的基因在细菌里表达的载体(论文中为在人类细胞表达的载体)。”而NgAgo酶要工作,必须在一个合适的载体上。% m: C! r3 ?" q& U4 N
8 {/ V6 _8 ~5 t8 y. j Y& ` 另一位PI反映了类似的信息,PI的一位同行朋友同样派人去了石家庄,但“韩春雨给的质粒信息不全,都很奇怪。有的质粒没有promoter(启动子)有些没有stop codon(终止密码子)(注:这两个等同于“开关”,没有前者基因不能表达成蛋白质,没有后者蛋白质翻译无法停止)。”
0 L* v; ?- Z/ | o" O4 p t/ S2 r Z5 W
PI们都向澎湃新闻表示了担忧,NgAgo技术的大面积无法重复或将影响中国科研者整体的国际学术声誉,“以后看到中国出来的(论文)都会怀疑一下。”
5 K2 `& w w% z7 c/ B/ V$ g
% o5 F; Y! I5 @* i) A) w3 N “我觉得确实,重要的是,国内的这个领域应该是有一个明确的声音来质疑这件事情,否则大家会觉得中国的这个领域是没有客观性的。也就是说,你可能需要一个自我纠错能力吧?”其中一位PI说。2 n4 C; C: j8 N) E T, Y
, H: H4 r9 W3 c
在“中国科协第114期新观点新学说学术沙龙”上,数十位基因编辑领域专家达成了八条共识,其中包含了以下内容:
, {& ^- |, ]' {$ g
' O- d" A W. y% w1 F "科学家必须自律,行业要有行规’,基因组编辑技术威力巨大,科学工作者应加强自身的科学素养,摒弃急功近利,认真踏实、稳扎稳打地做好研究,努力建设培养良好的学术风气和研究氛围。” |
|